九寨沟具备了喀斯特溶蚀作用发育的一切有利条件：九寨沟流域的岩石几乎全由石灰岩构成，厚达数千米；强烈的新构造活动在岩石中产生了大量裂隙和断裂，增大了岩石的透水性；流域内具有较充沛的降水，高原边缘的差异性抬升形成了巨大的地形反差，有利于岩溶水的循环运动，使喀斯特作用能持续进行；流域内植被发育，土壤中富含CO2及腐殖酸，岩石中还含有可产生酸类物资的有机质和含硫矿物，这给地下水提供了较丰富的CO2来源，使地下水具有了较强的侵蚀能力。

　　九寨沟喀斯特溶蚀的主要表现是发育有规模客观的地下岩溶通道。例如：长海无地表出水口，日则沟、丹祖沟下段呈于谷，均证明有地下河存在。

　　通过水均衡观测和同位素示踪研究已证明，长海的水有相当一部分通过长海至原始森林、长海至鹰爪洞一带的地下暗河补给到日则沟，使得日则沟成为九寨沟内水量充沛、海子最为集中的风景地段。

　　世界上，与九寨沟累似的喀斯特风景地只有克罗地亚的普里特维采（PLITVICE),而九寨沟的景观规模和生态环境条件的复杂多样性远远超过普里特维采。普里特维采位于海拔483m--637m的地中海周边地区；而九寨沟位于海拔2000m---4700m的内陆高寒高山峡谷区，因此它的喀斯特作用和景观特征还具有独特的科学价值。

　　海子形成的最基本条件是要有能储水的洼地，而对于九寨沟中的“河中湖”来说，海子前端还需要有能阻水的堤埂。九寨沟海子的成因是复杂的，但几乎都摆脱不了喀斯特作用的影响。这表现在两个方面：一是洼地的形成常和沿谷底的溶蚀作用有关，在天鹅海、五花海、五彩池等许多海子底部都可见到溶蚀形成的漏斗状深坑；二是海子前端堤埂的形成多与钙华的不断堆积有关，如日则沟内及诺日朗以下各海子前端和内部状似白色卧龙的钙华堤。

　　古冰川对海子的形成也起了重要作用，在距今数万年的第四纪晚更新世冰期，九寨沟冰川到达的下限约在海拔2900m处。在则查洼沟，约在上季节海下口处；在日则沟约在原始森林附近。最典型的如长海，这表现在冰川对谷底刨蚀形成洼地，冰川前缘的砾石和砂泥堆积物构成了阻水的堤坝。

　　另外，在九寨沟内的峡谷段，沿陡峭的山坡常形成崩塌、滑坡、泥石流，由此造成的堵塞也有利于湖泊的形成。上季节海、熊猫海、五花海、镜海等许多湖泊的形成均受到这种作用的影响。

　　九寨沟由北向南沟而上，地势逐渐升高，如果顺河谷切一个纵断面来看，这种升高是呈阶梯状的。这是因为在青藏高原的强烈上升中，其边缘形成了不同级别的阶梯状断块，这些断块在九寨沟主要一北西西走向的新构造断裂为界，九寨沟的主要瀑布如树正、诺日朗、珍珠滩、熊猫海等，正是发育在这些断层造成的地形阶坎上。由于在阶坎处形成跌水，水流内部压力减小，有利于水中CO2的逸出，促进了钙华的沉淀，使得钙华在阶坎跌水处不断的堆积生长，形成壮观的

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