原址位于大巴牌坊遗址处, 于１８３５年１月２６日毁于一场大火，现仅存教堂前壁——大三巴牌坊，已成为澳门的标志之一及著名的旅游景点。

被焚毁的圣保禄教堂由一名意大利籍神父设计，揉合了欧洲文艺复兴时期与东方建筑的风格，由日本工匠精雕细刻费时２５年于１６３７年建成，是当时远东最大的天主教堂。造价自然不菲，仅仅现存的大三巴牌坊，３００年前造价已达３万两银子。教堂前那段长长的６８级石阶也在不久后完成。教堂附近设修道院，课程有神哲学、理学及其他科学，规模不亚于当时欧洲的大学，培养了不少传教士。明清时，意大利的利玛窦、德国的汤若望及我国画家吴历等先后来此研经修道。

圣保禄教堂与火有不解之缘，从建造之初起先后经历三次大火。１５９５年第一次大火，将十六世纪中叶兴建的教堂及修院全部焚毁。在澳传教士因传教需要，照原样又重新修建一座，１６０１年时又再次毁于大火。经在澳传教士多方筹款后，进行再次重建，此后，奠定了圣保禄教堂２００年的历史, 直至１８５３年毁于最后一场大火。１８５３年１月２６日傍晚，澳门遭受强台风袭击，圣保禄教堂起火，风助火势, 足足烧了两个多小时, 使这座远东著名的大教堂剩下一堵形似中国牌坊的门壁, 也是教堂最珍贵的前壁供后人凭吊。